În cadrul reorganizării generate de Decretul nr. 76 din 9 iunie 1948, Academia Română a fost desfiinţată şi în locul ei s-a înfiinţat Academia Republicii Populare Române (RPR). Juridic, aceasta era o nouă instituţie. Prin Statutul de organizare şi funcţionare (intrat în vigoare pe 12 august același an) Academia RPR era „cel mai înalt for ştiinţific-cultural al ţării, o instituţie de stat, care întruneşte pe cei mai de seamă oameni de ştiinţă şi cultură”. Ca instituţie de stat, Academia RPR depindea direct de Consiliul de Miniștri, era finanţată de la bugetul de stat, își pierdea autonomia și era deposedată de toate bunurile mobile și imobile pe care le primise prin donaţie sau legate testamentare, „cu excepţia bunurilor care servesc direct scopurilor Academiei”. De asemenea, se avea în vedere creşterea numărului de secţii de la trei la şase, transferul unor institute de cercetări din subordinea universităţilor în aceea a Academiei RPR şi înfiinţarea a două filiale, la Iaşi şi la Cluj, şi a Editurii Academiei RPR. Totodată însă, între membrii Academiei RPR nu mai apăreau 113 foşti membri ai Academiei Române (26 titulari, 58 corespondenţi şi 29 de onoare), reprezentând mai bine de două treimi din totalul acestora. Trebuie reamintit că 31 de membri ai Academiei Române au fost condamnaţi la un total de 120 de ani de închisoare, iar nouă dintre ei și-au sfârșit viața în temnițele comuniste. Înființarea Filialei Iași a Academiei RPR a avut loc prin Decretul nr. 198 din 13 august 1948. Acesta își începe efectiv activitatea la 24 ianuarie 1949, sediul ei fiind situat pe fosta șosea Filimon Sârbu, la nr. 7, pe locul situat vizavi de actualul Colegiu Național, adică pe actuala str. Arcu.
În acel loc încă mai existau casele Cazimir construite în jurul anului 1800 de spătarul Petrache Cazimir, în care a funcţionat Academia Mihăileană (numai între anii 1835 şi 1847), Şcoala de Belle Arte şi Pinacoteca Naţională.
În anul 1963, ca urmare a demolării clădirii în care a funcţionat cândva Academia Mihăileană, Filiala Iași a Academiei RPR a fost mutată în localul vechii Universităţi din Iaşi situat în str. Universităţii, nr. 16. Clădirea a fost construită în 1760 de marele vornic şi vistiernic Matei Cantacuzino şi a fost folosită după 1795 ca reşedinţă temporară de domnii Moldovei. În această clădire a fost sediul Universităţii din Iaşi între anii 1860 şi 1897.
În 1897 aceasta s-a mutat în Palatul Universităţii din Copou. După 1897 clădirea din str. Universităţii, nr. 16, a rămas Facultăţii de Medicină care fusese înfiinţată în 1879. Actualmente clădirea este sediul rectoratului Universităţii de Medicină şi Farmacie „Gr.T. Popa” din Iaşi. Clădirea în care îşi are sediul Filiala Iaşi a Academiei Române este situată în bulevardul Carol I, nr. 8, şi i-a fost oferită acesteia în administrare şi folosinţă în anul 1982.
Această clădire este creaţia arhitectului Nicolae Porumbescu (1919−1999), este proprietatea Fundaţiei Familiei Menachem H. Elias şi a fost construită în 1981−1982 cu fondurile Fundaţiei.
Prin testamentul său din 15 decembrie 1914, Jacques M. Elias (1844−1923), fiul lui Menachem H. Elias, a numit Academia Română ca succesor al întregii sale averi şi a stabilit ca moştenitorul „să înfiinţeze şi să stăruie a se recunoaşte ca persoană juridică o fundaţie de cultură naţională şi de asistenţă publică numită «Fundaţia Familiei Menachem H. Elias»”. Prin decretul Regal nr. 3403 din 3 iulie 1923, Academia Română a fost autorizată ca moştenitor. Juridic, fundaţia a fost înfiinţată în 2 aprilie 1925, la Tribunalul Ilfov, prin înregistrarea ca persoană juridică sub nr. 120/1925. Conform dorinţei testatorului, „întreaga avere urma să fie consacrată promovării culturii din România, alinării boalelor săracilor, încurajării elementelor valoroase, sprijinirii cauzelor nobile”.
La înfiinţare, Filiala Iaşi a Academiei R.P.R., avea numai cinci membri titulari şi corespondenţi şi 12 cercetători ştiinţifici. Aceştia îşi desfăşurau activitatea în următoarele patru institute şi colective de cercetare: Institutul de matematică, Institutul de chimie, Institutul de istorie şi filologie şi Colectivul de cercetări medicale. De-a lungul timpului, Filiala Iaşi a Academiei R.P.R.
(R.S.R.), Filiala Iaşi a avut o evoluţie ascendentă, ajungând în anul 1974 la un număr de 12 membri titulari şi corespondenţi, patru institute, trei centre şi două secţii de cercetare ştiinţifică. Aceasta a fost, însă, dezvoltarea maximă la care Filiala Iaşi a ajuns în perioada comunistă.
Începând cu 1974 Academia RSR a fost supusă unui proces de reducere şi anihilare a activităţilor sale prin trecerea institutelor şi centrelor de cercetare ştiinţifică la Ministerul Învăţământului sau la alte ministere şi prin sistarea alegerii de membri corespondenţi şi de onoare ai Academiei. Astfel, la sfârşitul anului 1989, Filiala Iaşi avea din nou numai cinci membri titulari şi corespondenţi şi nici un institut sau centru de cercetare ştiinţifică. În mijlocul acestor vicisitudini, prin eforturile deosebite ale acad. Cristofor I. Simionescu şi cu fondurile Fundaţiei „Menachem H. Elias” a fost construit în 1981-1982 actualul sediu, care a fost oferit Filialei Iaşi în administrare şi folosinţă sub denumirea de Centru al Ştiinţei şi Tehnicii.
Renaşterea Academiei Române şi, implicit, a Filialei Iaşi, a avut loc prin Decretul-Lege nr.4/1990, prin care s-au readus sub egida acesteia (uneori numai parţial) institutele şi centrele de cercetare ştiinţifică înstrăinate în 1974 şi s-au creat alte unităţi noi. Prin Legea de organizare şi funcţionare a Academiei Române (nr. 752/2001, republicată în 2009) s-a statuat cadrul juridic şi organizatoric al acesteia, care corespunde cerinţelor şi exigenţelor dezvoltării actuale a României.